Mit den archäologischen Grabungen begann am 13. Februar 2006 am Augustinerkloster Erfurt der Wiederaufbau der Bibliothek. Der Entwurf für den Neubau auf historischen Fundamenten stammt von dem Weimarer Architekturbüro Junk und Reich, das den entsprechenden Wettbewerb für sich entschieden hatte.

Im Februar 2004 wurde für den Wiederaufbau der im 2. Weltkrieg zerstörten Klosterbibliothek die Stiftung Augustinerkloster gegründet. Das evangelische Kloster und die Stiftung haben sich beim Wiederaufbau gegen eine historisierende Lösung entschieden. Im März 2004 hatten sich 30 Büros an der Ausschreibung beteiligt,um das historische Klosterensemble um einen modernen Neubau zu ergänzen. Rund 5,2 Millionen Euro sind für die Baumaßnahme vorgesehen.

Der Entwurf von Junk und Reich sieht ein dreistöckiges Gebäude vor, dessen Baukörper mit seinem Spitzdach zwar der historischen Gestalt folgt, jedoch sollen die Fassaden mit einer unregelmäßigen Reihung von hochschmalen Fenstern zeitgemäß gegliedert werden. Zu den oberen Stockwerken hin werden sie in Anlehnung an die kleinen Fenster der Klosterzellen immer schmaler.
In den oberen Etagen entstehen ein Tagungsraum und ein repräsentativer „Siegelraum“ als Bischofsbüro. Zudem sind eine Gedenkstätte für Martin Luther, der dem Kloster 1505 beigetreten war, und die über 200 getöteten Menschen, die im Gewölbekeller der Bibliothek während des Luftangriffes Schutz suchten, geplant.

Von den archäologischen Grabungen erwartet man sich Aufschlüsse über die ersten Siedlungskerne aus dem 10., vielleicht sogar 7. Jahrhundert. Das Augustinerkloster gehört neben Dom und Krämerbrücke zu den bedeutendsten Wahrzeichen von Erfurt.