Am 9. September 1998 wurde in Berlin der Grundstein für den neuen Zentralbahnhof an der Lehrter Straße gelegt. Zu diesem Anlaß sprachen Bundesverkehrsminister Matthias Wissmann, Berlins Regierender Bürgermeister Eberhard Diepgen, Bahnchef Johannes Ludewig sowie - als Vetreter der Transrapid-Freunde - der Thyssen-Vorstandsvorsitzende Ekkehard Schulz. Als fünfter Herr im dunklen Anzug hielt sich der Architekt des Bauwerks, Meinhard von Gerkan, während der Zeremonie neben dem Rednerpodium auf, ergriff jedoch nicht das Wort. Auch wurde sein Name in keinem der offiziellen Redebeiträge erwähnt.
Jeder Redner beschwor dagegen das umstrittene Vorzeigeprojekt Transrapid; Schulz nannte den Magnetgleiter sogar „den Prüfstein für die Zukunftsfähigkeit Deutschlands". Die geplante Transrapid-Referenzstrecke Berlin-Hamburg soll am Lehrter Bahnhof enden, wozu ein Bahnsteig im Tunnelteil des Bahnhofs zum Kopfbahnhof für den Transrapid werden soll. Kritiker bemängeln, daß diese Maßnahme der Grundidee des schon seit den zwanziger Jahren geforderten und nun in Bau befindlichen Tiergartentunnels als Durchgangsstrecke widerspreche.
Der 800 Millionen DM teure Bahnhof soll im Jahr 2003 in Betrieb gehen. Er wird dann einen Kreuzungspunkt zwischen dem neuen Nord-Süd-Tunnel und der bestehenden Ost-West-Stadtbahnstrecke darstellen. Damit wird Berlin erstmals in seiner Geschichte einen zentral gelegenen, echten Hauptbahnhof erhalten. Allerdings stagnieren zur Zeit die Planungen für das neue Stadtquartier rund um den Lehrter Bahnhof, für das Entwürfe unter anderem von Oswald Mathias Ungers vorliegen.
Das Bahnhofsgebäude wird nach Plänen des Büros gmp, Hamburg, errichtet. Die Bahn hatte den Planungsauftrag für Deutschlands wichtigsten Bahnhofsneubau zunächst direkt vergeben wollen; erst durch eine Intervention der Berliner Senatsbauverwaltung unter dem damaligen Senatsbaudirektor Hans Stimmann war eine Art Mini-Wettbewerb zwischen den Büros Kleihues und Gerkan/Marg durchgesetzt worden, aus dem gmp als Sieger hervorgingen.
Für den Bau des neuen Bahnhofs, der in der Sohle der Tunnelbaugrube schon sichtbar vorangeschritten ist, wird demnächst der bestehende Lehrter Stadtbahnhof aus dem 19. Jahrhundert abgerissen, obwohl er erst 1987 mit Millionenaufwand denkmalgerecht restauriert wurde. Nach Aussagen des Architekten v. Gerkan ist daran die Trassenführung schuld, die von Tiefbauingenieuren der Bahn ohne Beteiligung von Architekten erarbeitet wurde und aus Zeitgründen übernommen werden mußte.
