Am 28. Mai 2006 wurde mit der Fahrplanumstellung der Umbau des Bahnhofs „Berlin-Südkreuz“ in Betrieb genommen. Entworfen wurde der Neubau, durch den der ehemalige S-Bahnhof Papestraße zum Fernbahnhof aufgewertet wurde, von JSK Architekten (Braunschweig). Den ursprünglichen Wettbewerb hatte 1999 der Berliner Architekt Max Dudler gewonnen (BauNetz-Meldung vom 21.4. 1999). Zwischenzeitlich wurde ihm der Auftrag entzogen und das Büro JSK mit der Planung beauftragt.

Am Bahnhof Südkreuz mündet die sogenannte „Anhalter Bahn“ in die neue Nord-Süd-Verbindung in Richtung Hauptbahnhof (BauNetz-Meldung vom 26. 5. 2006 zur Eröffnung mit Kommentar der Redaktion). Gleichzeitig kreuzen sich die Linien des S-Bahn-Rings mit den S-Bahnlinien in Nord-Süd-Richtung - nach Blankenfelde und Teltow, nach Hennigsdorf und Bernau.

Die stumpfwinkling kreuzenden Trassen bilden sich in dem Bauwerk in zwei Hauptbauteilen ab: Das der Fernbahntrasse in Nord-Südrichtung auf Nullniveau und das der Ringbahn darüber. Die drei Fernbahnsteige werden von zwei Stahlbetondeckeln überdacht auf denen ursprünglich private Investoren jeweils viergeschossige Parkhäuser errichten sollten. Nach dem sich nach zwei Ausschreibungen kein Investor für die Parkhäuser finden ließ, werden nun als Notlösung zwei einfache Parkdecks auf der Fernbahndecke hergerichtet.
Dieser Bauteil wird im Obergeschoss von der langgestreckten, gläsernen Halle des S-Bahnhofes durchschnitten. Die 405 Meter lange und 47 Meter breite Hülle ist in langrechteckige Formaten verglast. Die ursprünglich von JSK vorgesehene wellenförmige Überdachung ist in der Ausführung von einer stereometrischen Übersetzung abgelöst worden: Gegliedert wird das Dach nun durch sieben querliegende riegelartige Auswölbungen, die im Längschnitt eine mäandernde Dachline abbilden.